Todas las apps almacenan parte de sus datos en la memoria interna.
Aún con tarjeta particiónada y link2SD la memoria interna se irá llenando.
Algunas apps se pasan y almacenan varios megas en la memoria interna (usa link2SD para ordenarlas y ver si tienes de esas).
Otra cosa es el caché de las apps. Yo lo limpio cada 2 meses y me libera entre 15 y 30 megas de memoria interna.
Apps como Facebook, WhatsApp, Outlook, mms, etc pueden ir almacenando los mensajes en la memoria interna. Ve si puedes configurarlas para almacenar en tarjeta SD.
Las apps de sistema q actualizas te ponen la app actualizada en la memoria interna (y entonces ocupan doble espacio, en la partición de sistema y en la memoria interna) así q con titanium backup ó link2SD integra las actualizaciones al sistema.