No creo que podais hacer eso de sustituir los bootanimations de los tweaks, para eso habria que tocar tambien la aplicacion.
Si lo que quereis es cambiar de bootanimation, porque no lo haceis a la vieja usanza de ponerlo donde toca y le darles los permisos???
Podeis mirar vosotros con el root explorer que permisos hay que darles