Tengo entendido que el USB se diseño expresamente para poderlo conectar y desconectar en caliente sin problemas.
Otro tema diferente es el de los dispositivos de almacenamiento, donde las cosas que se graban pueden estar todavía en la cache y no haberse grabado, o bien que alguna aplicación esté usando un archivo, en ese caso la extracción segura garantiza la integridad de los datos.
Pero supongo que no os referís a pen-drive ¿verdad?