Así a primeras...
Ventajas a favor del Note: mejor procesador (Exynos dualcore 1,4 GHz frente a Texas Instruments dualcore 1,2GHz), mejor cámara (8MP frente a 5MP y dicen que saca mejores fotos con poca luz), pantalla más grande (5,3" frente a 4,7"), S-Pen y aplicaciones S (S-Note, S-Planner, etc), memoria ampliable mediante microSD.
Ventajas del Nexus: actualizaciones inmediatas por ser de Google, led de notificaciones.
Creo que está claro XD