No soy un experto, ya que esto en mi caso esto es una simple afición; y seguro que hay gente muchísimo más cualificada que te lo podría contar mejor, pero intentaré explicártelo:
En ocasiones cuando se instalan nuevas ROMs sin realizar borrados completos (wipes), se modifican los permisos, etc; Android termina por no reconocer que hay aplicaciones con asignaciones ya efectuadas creando una nueva identificación para la aplicación y provocando después un conflicto entre la nueva asignación de la aplicación y la que ya está guardada. En ese caso las aplicaciones comienzan a sufrir cierres forzados y el sistema da la impresión de presentar una inestabilidad que no es real.
Sólo ejecuta "fix permissions" si tienes "muchas aplicaciones" que te obligan a un cierre forzado. Lo que hace es asignar en "teléfonos rooteados", esos permisos para que las aplicaciones puedan correr...
