Claro, el que lo flasees, o le hagas root, no afecta para nada a la tarjeta de memoria, ademas en el proceso, la tienes que utilizar para ponerle el archivo zip que hay que poner y luego desde el cwm acceder al archivo para instalarlo, pero para mayor seguridad tuya y si te quedas mas tranquilo, lo puedes flasear sin ella si te apetece.
Un saludo
