Hola jcm,
¿Cuando instalaste el NikiSimFix hiciste un soft reset después?
Lo único que hace el parche es ocultarlos cuando vas a buscar entre contactos para hacer una llamada o mandar un sms, pero en realidad siguen estando, por lo que tanto en el administrador de Sim como en el gestor del sk tools te deberían aparecer.
Un saludo