Lo que comentas de los iconos me sucedió a mí tratando de desactivar el swap después de tenerlo activado, al reiniciar, no sé por qué, se puso a mover de nuevo los programas a la memoria interna, y como tengo más de 150mb en programas, se llenó enseguida, y me borró además los que quedaron en la SD. Los que se quedaron en la memoria interna sí que funcionaban pero el resto que no se pasaron no. Tuve que borrar la partición swap a mano y restaurar un backup.
Pero con las operaciones normales, no me ha dado problemas
efectivamente al instalar la ROM se mueve automáticamente el dalvik-cache a la SD, pero el resto (datos y apps) no lo mueve si no metes los comandos ...
Con el comando "a2sd check" puedes ver qué tienes activado:
Fíjate en lo que pone en Apps, Private Apps, Dalvik Cache y Data, pondrá runs from SD card o runs from internal storage.
En cuanto pueda hago un backup y con la ROM limpia de datos pruebo a ver si me vuelve a hacer lo mismo que a tí, es que en mis últimas instalaciones de la ROM siempre he restaurado mis datos con nandroid, y no he empezado desde cero. Si me falla trataré de arreglarlo.
Saludos.