El whatsapp no se puede mover a la SD, es una de esas aplicaciones que necesita estar en la memoria interna del aparato para funcionar. Existe un pequeño truco para moverlo a otra parte de la memoria interna que no se utiliza y está desaprovechada, pero sólo se puede hacer si eres root y sabes un poco.
Aquí tienes más info:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=286391
Sobre los iconos, a qué te refieres exactamente, a iconos del escritorio, o a los iconos de las aplicaciones, dentro de la ventana propia de aplicaciones? Si es esto último, el sistema tiende a ordenar los iconos de aplicaciones por orden alfabetico. Cuando lo reinicias, pierde la memoria de cómo colocaste dichos iconos y los reordena de nuevo. Yo lo solucioné instalando el tema Go Launcher Ex, que es sencillo pero elegante y muy configurable, y me permitía crear carpetas dentro de la ventana de instalaciones. Luego metí los iconos en dichas carpetas, de tal manera que tengo la carpeta Internet, la carpeta Utilidades, la carpeta Multimedia... y no se me han vuelto a desordenar y tengo todo organizado.