tienes que habilitar la opción "CLEAN_MORPHING" en el MOD.config para que solo sobreescriba ;)
Como no deja de ser una cuestión estética el no inyectar archivos nuevos , desde hace algunas versiones viene desactivado por defecto y queda a criterio del cocinero/usuario habilitarla. Lo bueno es que activarla ya no aumenta el tiempo de proceso como en las primeras versiones
