No es conveniente quitar el root, pues cada que actualices las aplicaciones que ya tengas instaladas y ligadas, link2sd actualizará el "link", y para esto es necesario que tenga permisos root.
Lo que tal vez le ocurra a tu teléfono es que también tenga la memoria interna llena de cache y davlik cache. Yo utilizo la aplicación "DiskUsage" (la encuentras en Market) Para monitorear el rendimiento de la memoria interna del teléfono y mantener el uso de memoria de las aplicaciones a raya.
Link2sd tiene la opción de eliminar el davlik caché fácilmente.
Otra cosa que me funcionó, fue eliminar las carpetas que se crearon en la tarjeta SD al instalar aplicaciones nuevas y únicamente dejar las carpetas que yo mismo cree en ella (no tengo idea de porqué ocurra esto, pero al liberar espacio en la tarjeta de memoria, eliminando las carpetas que se crean al instalar aplicaciones, se liberó espacio de la memoria interna del teléfono). Esto lo hago periódicamente, las aplicaciones no dejan de funcionar y el equipo tiene mejor rendimiento.
También utilizo ZDbox y SuperManager. Con eso mantengo el rendimiento de mi teléfono a tope.
