Respondo en orden
Bituminario:
Tu tarjeta la debes vaciar. Antes de realizar las particiones en la tarjeta es importante que hagas un respaldo de la información que es importante para ti. Al realizar la partición formatearás la tarjeta.
Teocles:
La forma recomendada es conectando la tarjeta directamente al lector de tarjetas de tu PC.
Como la tarjeta la vas a "partir en dos", la segunda partición (la dedicada a memoria interna virtual del teléfono) no la podrá leer la PC (aunque esto no nos importa), solo leerá la primera partición, que funcionará normalmente.
Ahora, obviamente las aplicaciones que se hayan instalado en la memoria virtual del teléfono (la segunda partición de tu tarjeta), no funcionarán si la extraes.
Buronhtc:
Es obligatorio hacer root en tu teléfono, de lo contrario la acplicación link2sd no podrá realizar su trabajo.