Me respondo a mi mismo. Investigando con el root explorer he conseguido cambiarla y ponerla bien.
Por si a alguno le pasa lo mismo, explico cómo hacerlo:
Entra en la carpeta system/usr/keyboard-config/layouts, dentro de ella hay un archivo que se llama qwerty-br.xml Sólo hay que modificar una línea (yo lo hice con el wordpad sacando el archivo a la sd y después volviéndolo a meter sustituyendo el antiguo, no sé si se podrá hacer directamente desde el móvil), que es ésta:
<Key data="ç" id="C3.8"/> y cambiarla por ésta:
<Key data="?" id="C3.8"/>
Un reinicio y listo, la ? donde debe estar según el teclado físico.
Así lo hice yo, pero mirando más, creo que modificando directamente el archivo keyprint.xml en la carpeta keyboard-config y cambiando esta línea:
<Script keylayout="qwerty-br" name="latin"/> por esta otra
<Script keylayout="qwerty-en" name="latin"/> sería suficiente y funcionaría igual, aunque no lo he probado.
Espero que os sirva de ayuda.
Un saludo.