Creo que te duplica los archivos porque te hace un simlink desde el directorio de apps al de la ext, estando los apks en el directorio ext y el enlace simbólico en la partición DATA.
Y la partición ext no la puedes ver desde ajustes -> almacenamiento / aplicaciones. Tienes que instalarte otro programa como puede ser quick system info, donde se refleja el almacenamiento A2SD.
Espero haberte ayudado.
Saludos.