Así es. Como te dice el compi, Android One (que no MIUI) que es el sistema operativo que vienen de serie en el Mi A2, viene muy limpito de porquería y sin anuncios.
"Algo" habrás instalado, "algo" se te habrá colado, y por eso tienes ese anuncios que comentas.
Haciendo un Restablecimiento de Fábrica (y borrando así toda tu información... así que hazte copia de lo que te interese) debería de solucionarse.
Con respecto a la pregunta de tu título... para cambiar el Sistema Operativo en el Mi A2, no se toca el root... es que no tiene nada que ver una cosa con la otra. Lo que SÍ tienes que hacer previamente a cambiarle el SO es Desbloquear el Bootloader, que es una cosa distinta.
El tener acceso root en tu SO es una cosa diferente. Y lo puedes tener en el SO que viene de serie o en cualqueir Custom ROM que le pongas a posteriori. Y es completamente opcional.