La SD EXTERNA no se puede borrar, que yo sepa. Si es una ROM, yo le haría un Factory. Así te aseguras que no arrastras fallos antiguos.
Puede ser que algunas apps INSTALADAS por ti se quedaran "colgadas". Es decir, tu en la parrilla de apps tienes tus antiguas aplicaciones, y algunas las verías que, en lugar de tener el icono de la app, tiene un icono de una SD en gris. Esas Apps están en el registro del Launcher, pero el SO no las encuentra. Al darles, te daría un Forzar Cierre y no te dejaría ejecutarlas.
Para eso, lo que podrías hacer es:
Instalas el Titanium Backup.
Haces un Backup (en Menú -> Lotes) de todas las Apps de usuario
Instalas la ROM tal y como has dicho.
Le haces un Factory Reset.
En la primera instalación, te vuelves a descargar el Titanium Backup.
Y deshacemos el ovillo... Menú -> Lotes -> Restaurar todos los Backups de usuario |SIN DATOS DEL SISTEMA!!!|
El 5º paso en tu explicación me tiene intrigado... Te refieres a Backup & Restore -> Restore? Si te refieres a eso, eso solo se hace cuando formateamos a EXT4, con el Format-EXT4.zip