Piensa que muchas aplicaciones guardan datos (p.e. los juegos, caches de programas, etc...) en SDCARD, si haces el cambio, pero sigues mantendiendo la SD, esta ya no estará en la misma ruta, ya no será SDCARD sino FLASH y los datos no estarán ya en esa ruta.
No se si me he explicado muy bien.
Algunos juegos (la mayoria) copian datos del juego en /mnt/sdcard, al hacer el cambio esos datos (a no ser que los copiemos nosotros a mano) pasaran a estar montados en /mnt/flash, por lo que al intentar arrancar el juego no encontrará esos datos.