No ...a ver.....no es así.
Los themes son Themes Base. Se mete en THEMES\z-Theme_Personal y es para cuando quieres hacer un mod en modo offline , use ese theme como base y luego aplicas los cambios que quieras encima ( o lo dejas tal cual ) y con la opcion 98 del menú de mods, sales y genera un update.zip con ese mod , que metes a la SD y aplicas.
Si lo que quieres es hacer un UPDATE PERSONAL, esos ficheros debes repartirlos tu en Z-UPDATE PERSONAL...pues la descarga no es un update personal. Deberías meter el SystemUI.apk y el Settings.apk a /system/app , y los dos framework*.* a la carpeta /system/framework , y ya desde el menú del theme editor con las opciones 3 o 4 te generará un update personal.