Con miflash tienes que marcar la opcion borrar todo, si no no te lo limpia. Cuantos gb libres te da recien flasheado?
Te tiene que dar 10gb al menos.
Otra opcion para liberar espacio es borrar cache desde el propio telefono. En ajustes/almacenamiento. Esto no te borra los ficheros log pero tambien quita basura.
La gestion del espacio siempre ha sido lo peor del movil.
Porcierto, hablo siempre de la version 9.6.2 estable de xiaomi.eu