Buenas, lo que hago yo para meter una rom desde cero y limpia:
1.- Móvil apagado, enciendes presionando volumen arriba y encendido para que salga el menú de arranque.
2.- Enchufas el móvil al ordenador (entiendo que tienes ya instalados los drivers en windows o si usas una distribución linux más rápido será).
3.- Creo que el recovery se queda permanente, pero no sé cual usas, así que en la terminal como administrador de windows, y donde tienes la carpeta de las utilidades necesarias pones fastboot flash recovery recovery.img para que se flashee el recovery. Y yo le doy a extraer el móvil del ordenador.
4. Entras al recovery en el móvil, montas el usb y enchufas al ordenador de nuevo. Se montará el móvil en el ordenador.
5. Yo aquí en esta partición del móvil, si instalo de cero una rom, y mostradas todas las carpetas, borro absolutamente todo. Manías de uno.
6.- Copio en la memoria del móvil la rom en formato zip y las aplicaciones de google también en zip si es una cyanogenmod original y no las lleva y desmonto en el ordenador la memoria del móvil.
7.- Wipes de todo en el menú recovery.
8.- Flasheo la rom desde el recovery y seguidamente flasheo las aplicaciones de google.
9.- Reinicio móvil (primera opción del recovery)
Y listo, creo que no me he dejado nada. Yo nunca restauro aplicaciones con backup ni nada, salvo de la memoria lo que necesito y ya está. Fotos y demás, las aplicaciones limpias. Espero que te sirva, ya dirás. saludos!