Siento no coincidir en todo lo que dice Hubie.
Por lo que he estado leyendo, no es que Windows Mobile quede en 2º plano, lo que hace HaReT es apagar WM, pero no el Hardware, para así poder ejecutar Android por lo que el problema de la batería es la mala gestión que Android hace de ella y no porque WM esté activo en un segundo plano.
Saludos!