Al final con linux lo hice funcionar, en vez de usarlo con ./bin/aapt (el cual seguro que funciona perfectamente aunque no lo he probado) lo que hice fue instalar android-sdk para usar la versión de aapt que viene con mi OS.
Las aplicaciones chinas se quitan perfectamente con el script y se ocultan y todo perfecto, el phone manager no lo quite porque viene bien tenerlo, desde mi punto de vista es util.
Le puse nova como launcher y quedó de lujo y funcionaba muy bien hasta que intente habilitar el tethering entrando como root a través de twrp y le deje la partición system "rota" pero ya lo hice funcionar una vez asi que lo volveré a intentar y os cuento.
En cuanto lo consiga pasaré el script para eliminar/ocultar otras aplicaciones que en la versión 6.0.... no son utiles y os sigo contando.