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LuGoFe, los idiomas forman parte de las aplicaciones y no se pueden eliminar abriendo el apk. Se eliminan antes de generar el apk, en el proceso de compilación, especificando al compilador qué quieres y qué no quieres. De ahí, que comparando por ejemplo el Phone.apk mío y el oficial, haya una sensible diferencia de tamaño. Lo mejor de todo es que solo hay que editar dos archivos para que suceda. Unos post antes del de descarga de la ROM fui publicando las investigaciones.
A tu primera pregunta, correcto. Puedes añadir y quitar archivos a la ROM en la carpeta /system/app. Una vez lo instales, aparecerán en el cajón de aplicaciones. El motivo por el cual ideé unas GApps era para no tener que andar trasteando en las nightlies cada vez que actualizara. El script de las GApps lo haría por mí.