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ridgarou, el wipe system (=format system) es necesario para limpiar la partición /system si provienes de otra ROM, de una nighlty muy anterior o de la estable, y también cuando se quiere actualizar las GApps, ya que aseguras una instalación limpia sin restos de lo anterior.
El S2E instalado en mis GApps no se lleva muy bien si ya lo tienes instalado desde el Market. Por eso, tienes dos opciones: o desinstalarlo justo antes de "flashear" la nueva nightlty y las GApps que lo integran, o borrarlo a mano, después de instalar todo, dentro del directorio /sd-ext/app/. Es el archivo ru.krikun.s2e.apk.
