Buenas, acabo de hacer la prueba con una app en concreto Archos video que si la muevo a la memoria interna ya no desaparece al reiniciar.
La tarjeta Sd es una samsung clase 10 de 32Gb, y solo tiene utilizado 15. No tengo otra tarjeta para probar pero por lo que veo son solo con algunas aplicaciones en concreto, otras las muevo manualmente a la SD y funcionana bien y no desaparecen.