Pues puede ser de mil maneras, dándole más potencia de la que puede soportar, frecuencias dañinas, etc, o también se puede cargar el chip de audio.
¿Como te puedes cargar un microprocesador? pues igual, metiendole overclock extremo, voltajes, etc, todo eso se puede hacer por software.
El soft controla absolutamente todo. Y no olvidemos que lo primero que te pedía la aplicación era permisos de superusuario, con lo que tiene poder total para hacer lo que quiera.