A ver. Perdona q no pueda poner imagenes ahora mismo.
Lo primero de todo, tienes instalado el ADB? para salir de dudas puedes buscar "minimal adb and fastboot" e instalarlo, system wide si es posible.
Por otro lado, en "informacion de la aplicacion", de substratum, activa todas las opciones, sobre todo la q menciona el acceso desde Andromeda. En este punto da igual q no puedas abrir la app, sólo estas accediendo a sus caracteristicas en el Sistema Android.
Andromeda simplemente hay q abrirlo y hacer 10 taps (como cuando activamos el menu desarrollador en android) para q salga una opcion llamada "bypass check" q hay q activar.
Asi lo q haces es autorizar q Andromeda y Substratum se comuniquen.
Teniendo todo esto, ejecutando el srcipt de windows se deberia abrir una ventana automaticamente con el desktop client de andromeda, donde simplemente hay q darle a "conectar".
Substratum se abre automaticamente etc etc. Si esto no funciona, lo normal es q el problema venga por el ADB...
Comentarte q navbar no hay casi nada en substratum ahora mismo (sin root), y aplicaciones recientes creo q nada en absoluto. Lo q es cambiar a dark theme y demas si q empieza a moverse el tema. Siempre hablando de compatible 100% con oreo.
Yo personalmente he cambiado solamente los ajustes rapido a oscuro, manteniendo notificaciones en blanco (con el theme "aura" de pago) y los Ajustes de Sistema en oscuro con otro theme q es gratuito.