Felicito sus esfuerzos por esta bien encaminada tarea.
Vengo de usar Sashimi, así que mis expectativas son altas. El funcionamiento de la rutina de sashimi es muy similar al de ustedes (con la desventaja de estar en ingles, ser extremadamente largo y para nada amigable al editar).
Sugiero que se cree un cab para instalar. Qué pasaría si quiero usar el easy installer sin "flashear" mi dispositivo?
O para hacerlo más amigable y antiestúpidos como yo, vendría bien un acceso directo para no buscar en los directorios del dispositivo. Creo que se resuelve modificando el texto del sdconfig. Podría invocarse directamente al script y además instalarlo en caso de que no existiera.
Lo de los programas enpeñados en instalarse en la memoria interna del dispositivo.... algunos pueden forzarse (Hice un cap del PPCPimbackup) pero otros exigen estar en dicha memoria, como el .NET Framework, como ejemplo. Yo lo que hago es usar el win ce cab manager, estudiar el programa, y si es viable (en la mayoría de los casos) asignarle una ruta manual de instalación y no la variable %Program Files%
Intento aportar un pequeño grano de arena.