sirdavee , puedes hacer wipes si te quedas más tranquilo. Una par de aclaraciones:
Los zips que instalas desde el recovery llevan dos cosas: ficheros a extraer y un script (lista de comandos) para ejecutar. En principio al elegir "install from zip" se extraen los ficheros y si no se ha incluido un script que borre los que ya hay originalmente entonces se mezclarán cosas de ambas rom (la original y la que intentas instalar)
En el caso de los backup (opción backup y restore del recovery), no hablamos de un zip del que se extraen ficheros y se copian a otro lugar, si no de una IMAGEN de la partición, al estilo del norton ghost de window o el acronis true image. Y cuando restauramos una imagen restauramos el sistema de ficheros completo, todo lo que hubiera antes desaparece del todo.
En conclusión al instalar una rom con install from zip habrá que hacer wipes dependiendo o no de si se ha preparado un script que haga limpieza (normalmente no lo hará porque al usuario puede interesarle restaurar solo system y mantener intactas las app de usuario, es el caso de instalar una nueva versión de la misma rom). En cambio con restore (el backup) no es necesario hacer wipes, aunque no pasa nada si los haces, solo que son inútiles, es trabajar de más.
En general, con los zip hacer los wipes que recomiende el autor, con el restore backup da igual que hagas wipe o no.