Os cuento mi caso, que es muy curioso:
Antes de Android N, siempre desbloqueaba y hacía HR con los archivos .bat, por la sencilla razón de que el Flash Tool me reconocía el móvil con su número de serie, pero sin embargo no me desbloqueaba el bootloader (al darle a desbloquear, se quedaba pensando sin que mandara la orden al terminal)
Al hacer HR con los .bat, desapareció ese menú inicial de "START - Continue Boot" que sale inmediatamente antes del logo de Android al encerder el movil. Por lo demás, el móvil iba perfecto.
Al salir Android N y al ver lo que sucedía con los .bat y los bricks, lo que hice fue actualizar via OTA (sin HR) a 7.1.1. Todo perfecto, con el añadido de que reapareció el menú inicial que se había perdido al usar los .bat en Androdi MM.
Al ver esto, comprobé si ahora desde 7.1.1 el Flash Tool funcionaba. Y efectivamente funciona sin problemas. Entiendo que la OTA a 7.1.1. debió restaurar todo a como estaba antes de aplicarle los .bat en MM.