Lo que dice adriPw es cierto. Los del SAT no aceptan terminales con root, pero si los envias unroot y con una ROM stock no hay problema. El problema existe si se brickea el movil o por fallo lo envias root.
Falta añadir que hay ROM's que necesitan una radio compatible con esa ROM, con lo que a veces es necesario cambiarla, y ésta puede traer mejoras en forma de cobertura o consumo.
Saludos!