no, en absoluto, la SIM y WhatsApp no tienen ninguna relación, como he dicho, necesitas que la SIM sea tuya para la activación de WhatsApp, para la primera vez, para el código que te mandan, pero una vez activo, eso queda guardado en WhatsApp y, si fuera un caso normal (no el de tener 2 WhatsApp en un móvil) tu podrías sacar la SIM del móvil y funcionar con wifi y a WhatsApp le da igual.
En el caso que tu quieres, es similar, tendrá 2 WhatsApp, cada uno configurado con un número de teléfono pero sólo1 SIM en el teléfono, e incluso podrías tener una SIM puesta que fuera un tercer número, distinto a los dos configurados en los dos perfiles de WhatsApp, para que te hagas una idea.
Lo que sí han tenido que, o bien puesta cada SIM en el móvil en el momento de configurar el perfil correspondiente de WhatsApp o bien puesta en otro móvil donde no esté instalado WhatsApp y tu tengas acceso a él, para usar el código que manda WhatsApp por SMS al ser activado la primera vez en el móvil que sí va a tener el perfil de WhatsApp.