Dos cosas:
¿Cuando entras la primera vez en TWRP has habilitado la escritura en SYSTEM?
Si no lo has hecho, para que te lo vuelva a pedir, vete a settings (del TWRP) y restauralos (no me acuerdo ahora de la opción exacta). Vuelves a entrar y te lo volverá a preguntar.
¿Que versión de zip de SUPERSU quieres instalar? ¿Has probado con la
última 2.79?