Ah, perdona, cuando acabe el proceso del root kernel, en esa misma carpeta se te generará un archivo llamado kernel_patched.elf, ese es tu kernel parcheado ,que tienes que flashear mediante el flashtool. Ojo al seleccionar el kernel, ya que como opción predeterminada, el flashtool busca de archivo del kernel en formato .sin.
Si le prestas atención, está explicado de modo claro y visual en el enlace que te he puesto.