Yo es que no utilizo la huella para desbloquear el telefono, por eso me va bien, pero he buscado info de tu problema.
Por lo que he leído en XDA es un problema de Marshmallow con todas las apps de pantalla de bloqueo, porque hay el mismo problema con los Xperia y Nexus también.
Cito "
all screen lock apps are not compatible with Marshmallow yet - it requires to use the back up pin/pattern after using the fingerprint . Though, if you uninstall the app - the fingerprint will work without using the pin anymore"
A ver si con Nougat se arregla, que viene mucho mejor implementado el tema de lectores de huellas.
