Si al actualizar a Android 6 no podéis ver las carpetas al conectar el móvil al PC, probad lo siguiente:
1. Desconecta el cable USB.
2. Ve a Ajustes > Aplicaciones > Mostrar aplicaciones del sistema
(es una opción del menú de los 3 puntitos)
3. Localiza
[Almacenamiento externo] y
[Almacenamiento de medios], entonces borras la caché y los datos guardados a esas 2 aplicaciones.
4. Reinicias el teléfono y esperas de 5 a 15 minutos para que android reconstruya las bases de datos de medios. A continuación conectas el teléfono al PC y seleccionas el modo MTP.
Ya se deberían ver las carpetas.