Bueno, al final de tanto renegar con esto de la batería decidí volver al Lollipop para probar si el SO tiene algo que ver.
Resultado: llevo una semana con Android L y el drenaje de la batería desapreció, teniendo la misma configuración y apps instaladas que antes.
Por algún motivo mi móvil con Android M no van.
Saludos.