Por motivos que obviamente desconozco, en Android Marshmallow Supersu no necesita escribir en el sistema para conseguir privilegios de root.
En teoria esto nos permite poder rootear el teléfono y poder seguir actualizando via OTA, puesto que como os explicaré tampoco es necesario cambiar el recovery para poder rootear el teléfono,
aunque sigue siendo necesario tener el bootloader desbloqueado.
Para abrir el bootloader os remito a este post donde recojo todas las herramientas necesarias.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1146702
Herramientas necesarias para el Root:
Fastboot
https://mega.nz/#!NRJEFYhR!4X9zjUEFC...YQZSa5UdhuuP18
Supersu flasheable por TWRP
http://download.chainfire.eu/supersu-stable
TWRP
https://dl.twrp.me/namek
Instrucciones:
Descargamos y descomprimimos la herramienta fastboot, dentro de la misma carpeta ponemos la imagen del TWRP y la renombramos a TWRP.img (porque sea más cómodo)
Conectamos el móvil al PC en modo Fastboot.
Con el explorador de Windows navegamos hasta la carpeta donde tenemos la herramienta fastboot y la imagen TWRP.img. En dicha ventana mientras mantenemos el la tecla Mayusculas del teclado haremos click con el botón derecho del ratón y en el menú desplegable y seleccionaremos la opción "Abrir ventana de comandos aquí". En dicha ventana de comandos ejecutarmos los siguiente
fastboot boot TWRP.img
en unos segundos el móvil se apagará y volverá a iniciarse pero lo hará con el recovery TWRP.
Es importante que en el primer arranque seleccioneis "Mantener el sistema en modo Solo lectura" (Keep system Read Only).
Una vez dentro del recovery no estaría de más proceder a hacer un backup de boot y de la imagen del sistema (ojo, imagen del sistema, no del sistema), esto nos será de gran utilidad en caso de problemas, por si la teoría falla, vamos.
Una vez estamos en el recovery procederemos a copiar en la SD o en la memoria del teléfono el zip de Supersu que habremos descargado previamente y procederemos a su instalación como se hace normalmente desde el TWRP.
Una vez termine la instalación reiniciamos el sistema.
Como habíes podido comprobar no ha sido necesario cambiar el recovery para rootear el teléfono, ni lo es para usar el resto de opciones del TWRP sin tenerlo instalado realmente.
Obviamente esto nos permite poder usar aplicaciones que necesiten de permisos de Root, pero seguiremos sin poder hacer cambios en el sistema, aunque en este caso se supone que es lo que se busca ya que si modificamos el sistema tendremos problemas para poder actualizar vía OTA. Al mantener el sistema Read Only es literalmente imposible modificar el sistema, ya que cada vez que se reinicie el terminal, todo estará como estaba. Por ejemplo, podeís usar Titanium Backup para respaldar y restaurar las aplicaciones del usuario, pero si desinstalais una aplicación del sistema, cuando reinicies el terminal esta volverá a estar allí por arte de magia, puedes usar Root Explorer para copiar archivos del sistema, pero si borras alguno, ocurrirá la mismo (da igual si desde el Root Explorer montas el sistema Read Write, podrás borrar, pero el archivo reaparecerá al reiniciar).
Puedes usar programas para modificar la frecuencia o governors de la CPU, que muevan datos de la memoria interna a la SD, para flashear un recovery desde android......
PD. Tengo que hacer pruebas con Xposed Framework, pero tengo la impresión de que tampoco debería de ser un problema, aunque debo o debeís de hacer pruebas para cerciorarse.
Esto debe de ser válido para cualquier teléfono usando su correspondiente imagen de TWRP, por supuesto.
Saludos.