Es decir, lo cargas apagado -> lo desenchufas -> lo enciendes?
No tengo ni idea y no tengo el móvil por lo que no tomes literal mi respuesta pero, en ese supuesto, has pensado que necesita un 1% de batería para arrancar el móvil, iniciarlo, etc?
Si lo enciendes con el cable todavía puesto es posible incluso que el período de arranque chupe más energía de la que es capaz de cargar, por lo que siga bajando ese 1%