Las versiones snapshot, son versiones estables y comprobadas. Las nigthly son aportaciones sucesivas de los distintos colaboradores que van implementando nuevos servicios o caracteristicas, no siempre "visibles"; es decir no solo de aspecto grafico, sino modificaciones o implementaciones de codigo interno (programa) para tratar de mejorar la ROM o dotarla de nuevas caracteristicas.
Normalmente son perfectamente usables, pero hay que tener en cuenta que pueden generar algún fallo de funcionamiento en todas o en algunas de las funcionalidaes del movil, o de alguna de las aplicaciones instaladas.
Antes de instalar cualquier nigthly es recomendable hacer un nandroid (copia de seguridad) para poder volver atrás en caso de fallo, tanto de funcionamiento como de instalación.
Espero haber resuelto tus dudas al respecto.
Saludos