Hola buenas,
Quizás, al instalarlo mediante Mi recovery y no hacer los wipes, se haya instalado mal.
Lo que yo haría, viendo que te da problemas el instalar el TWRP mediante el bat, sería instalarlo mediante Flashify y a partir de ahí, hacer una instalación en limpio de la rom.
Si esperas unos minutos, te escribo un tutorial paso a paso.
Saludos y de nada
PD: ¿Qué versión de MIUI tiene instalado el móvil?, ¿estable o desarrollador?.
