A mi me pasa algo parecido.
Lo he intentado en varias ocasiones con la 6.01 y acaba en bootloop. He acabado hasta las narices de rootear y tener que volver a cargar estock porque no habia manera...
Al final, le he instalado la 5.1 y ahora ya no he tenido problemas. Flashee recovery, le he puesto la purenexus y a correr