Flashear: cambiar el firmware del teléfono, por ejemplo si tienes un teléfono de Movistar puedes flashearlo y ponerle un firmware genérico que lo que haría sería eliminar todos los programas que te instala movistar en el teléfono, eso si, seguiría estando bloqueado el movil, solo funconaría con sims de movistar.
Liberar bootloader: liberar el gestor de arranque con lo que lo puedes modificar, cambiar los firmwares originales de SE por otros en los que se podría modificar diferentes aspectos del movil (overclocking, aumentar volumen del altavoz...)
Rootear: Tener acceso a todas las carpetas del movil, con lo que puedes eliminar programas de SE, o usar prográmas que necesitas ser root para que funcionen (tytanium, addfree...)
Si eres novato, de momento solo te recomendaría que flashearas le movil en caso de que lo tengas con movistar o vodafone y no te guste que te lo tengan lleno de sus aplicaciones. Una ventaja de flashearlo y ponerle un firmware genérico, es que a la hora de que SE saque actualizaciones, salen primero para los firmware genéricos, y suele tardar en aparecer luego para los firmware de movistar o vodafone