Bueno, aquí no sabemos todo. La experiencia nos va enseñando y aquí se va posteando. A mi ya me has enseñado un par de cosas jejeje.
Ya no hay tanta gente con el xperia sp y toca más arriesgarse a probar que esperar que alguien haya pasado por lo mismo y lo escriba en el foro.
Con flashtool, al instalar una tft hay que seleccionar los wipe correspondientes. Salvo la sd, si no excluyes algo en las siguientes opciones, te hace un borrado potente...como de fábrica.
Tal vez la versión de flashtool tuviera algún bug.
TWRP es una buena herramienta y muy completa. Al desbloquear el bootloader, uno se olvida de flashtool y todo se hace desde el recovery.
Me alegro que encontraras la solución.