Debes iniciar el Windows en modo de deshabilitacion de drivers firmados.
Ve a configuración y luego a actualización y seguridad. De ahí vas a recuperación y le das donde diga inicio avanzado.
Posteriormente, le das a opciones avanzadas y continuas hasta donde te salga una lista de posibles formas de reiniciar. Luego y reiniciar y cuando te salga el booteo, seleccionas F7 que es la de drivers deshabilitados.
Una vez ahí, instalas los drivers de flashtool dándoles permiso a las advertencias que te tire el Windows. (instala también los del Xperia L del archivo de drivers que tiene el flashtool)
Con eso ya debería (después de un reinicio) leerte el flashtool los drivers sin problemas. Otra cosa que puedes hacer si te sigue dando problemas, es desisntalar el pc companion y el flashtool y reiniciar y volver a isntalar el flashtool (asi hice yo y logré que me lo reconociera sin problemas además de poder rootearlo)
Intentalo a ver que te sale