Tienes que cambiar las Gapps y poner las especificas de 12.1
Busca las Gapps PICO, con ellas no tendrás problemas de memoria.
El problema que dices de memoria, es normal porque en Kit-Kat, las Rom utilizaban Davilk, por el contrario en Lollipop se utiliza ARM. En ARM tarda mas el movil en cargar (se puede tirar fácil 7-10 minutos), pero luego funciona todo mucho más rápido y fluido.
Esto hace que la Gapps, dupliquen su tamaño en Lollipop, por eso debes de utilizar las PICO, para que no te de ningún problema.
Un saludo
