El problema no es que este protegido la carpeta system y de ahí que xposed no puede instalarse y adaway no puede modificar el archivo historia, el problema es que las particiones son del mismo tamaño y ahora nos quedan libres sólo 900kb en la partición de sistema. Después de volverme loco pensando que era por permisos, instale una app para visualizar las particiones y fue cuando me di cuenta.
La solución es bien sencilla.
Cuando actualizas aplicaciones de sistema que vienen preinstalado, dichas actualizaciones se instalan en data/data/app creó recordar, por lo que con un explorador root me fui a system/app y elimine aplicaciones, que ya se habían utilizado, como gmail, maps, correo(que no la uso) y alguna más que no recuerdo. Decir que con eliminar gmail y maps ya hay espacio de sobra para xposed y el host de adaway.
No borréis la apk exchange, como hice yo, porque aunque no lo uséis es un servicio y a veces te salta un error de ese servicio, aunque no afecte al funcionamiento de la tabletas. Volví a instalar exchange, pero me sigue saliendo el error.
Pues nada, esa es la solución. Perdonar que no lo pusiera antes, pero por falta de tiempo y porque nadie parecía tener o interesarle el problema, no lo puse antes.
Lo del modo mtp no creó que tenga nada que ver con esto