Ok, gracias, pensaba que al flashear el gpt.bin estabamos metiendo un nuevo bootloadery por tanto se quedaba como de fábrica. Realmente, habiendo metido el recovery stock como pones en tus comandos, no creo que tenga mucho sentido cerrar el bootloader ya que podremos meterle las OTAs, no me quita el sueño el warning de bootloader abierto.
Ahora ya poco a poco a retomar root y quizá pruebe con xposed, la verdad es que la CM12.1 me ha gustado pero, aparte de los temas, no me aportaba gran cosa.
Gracias por todo compañero