Pues eso es porque no tienes el superUserMod, te hace falta para aplicar el tema. Ponerlo es facil, solo instala el Xposed, y pon Xperia Xposed (KK), lo habilitas y reinicias, abres la app vas a la primera opcion que haya y habilitas el superuser mod. reinicias y vuelves a aplicar el tema. Si algo no se ve del todo bien, reinicia una vez más
Y en vez de bajar a JB completo, que quiza sea la causa de los problemas, usa este metodo de root:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=963227