Yo lo he tenido funcionando con cm12 5.0.2 y el kernel stock, ah porcierto ahora que se me ocurre, la nueva version alpha2 permite su instalacion con SELinux en modo Enforcing por lo tanto seguramente el fallo estaba en que en CM12 ahora SELinux viene en enforcing y no en Permissive.
Prueba dos cosas, instala la ultima version de CM12 y la ultima de Xposed desde
aqui.
Y tambien la aplicacion SElinux mode changer desde GPlay
Descarga esa aplicacion, cambia el SELinux a Permissive dandole permisos root, luego desde el hilo de XDA descarga el Zip y el Apk de Xposed, instala el apk y flashea el zip, deberia de funcionarte.
PD: Luego no cambies el SELinux de nuevo a Enforcing ya que por ejemplo, Viper4Android lo instale en CM12 con el en Permissive (ya que en enfocing era imposible) y al volver a enforcing, los efectos de Viper4Android desaparecian.